La commission européenne lance ACGT (Advanced Clinico-Genomic Clinical Trials) projet de création d'une plate-forme informatique qui croiserait données génétiques et cliniques. Une ouverture sur la médecine personnalisée pour Jérome Chailloux, ERCIM (photo Une).
La bioinformatique, qui consiste à coupler la puissance de traitement de l'informatique avec les fantastiques progrès des biotechnologies, ouvre de nouveaux horizons dans la façon dont nous pourrons bientôt tous être soignés. C'est cette voie que va explorer le projet européen ACGT (Advanced Clinico-Genomic Clinical Trials on Cancer) qui a été lancé la semaine dernière lors d'un séminaire de trois jours à l'hôtel Ambassadeur de Juan-les-Pins, séminaire qui rassemblait des cancérologues et des informaticiens. Il s'agit d'un projet de 4 ans (de février 2006 à février 2010), financé à hauteur de 12 M€ par la Commission Européenne et coordonné à Sophia Antipolis par l’ERCIM, Consortium Européen de Recherche en Informatique et Mathématiques (l'ERCIM est également le siège européen du W3C).
Trouver le meilleur médicament en fonction du profil génétique
"Jusqu'à présent nous n'avions aucun moyen de profiler les besoins des patients", explique Jérôme Chailloux, Directeur général de l’ERCIM qui participait au lancement du projet en compagnie de Ragnar Bergström, Project Officer, de la Direction Générale de la Société de l’Information à la Commission Européenne. "Le projet ACGT vise à croiser les données génétiques de chacun des patients avec les données cliniques recueillis dans les hôpitaux. La compilation des signatures génétiques et des données cliniques devrait permettre la mise en place de plate-formes qui amélioreront le traitement des maladies. Nous allons ainsi entrer dans le domaine de la médecine personnalisée. Il devrait alors être possible de trouver le meilleur médicament pour le traitement d'une maladie en fonction du profil génétique du patient et éviter ainsi les périodes de tâtonnements avant de trouver la bonne thérapeutique."
Ce scénario est rendu réaliste en effet par l'émergence de la médecine génétique. On peut désormais imaginer que des biopsies d'une personne atteinte d'un cancer soient réalisées avant, pendant et après les traitements et que les données moléculaires et génétiques correspondantes soient stockées de façon anonyme, dans un environnement coopératif et accessible à tous les spécialistes et chercheurs. Les données de ce patient pourraient alors être immédiatement comparées à celles d'autres patients. En faisant des requêtes dans des bases de données, il suffirait alors de quelques heures et non plus de quelques mois comme aujourd'hui pour trouver le traitement le plus approprié à chaque patient. "Cela pourra conduire à l'identification rapide de "profils" de cancer et à la détermination de la meilleure thérapie en fonction de la sensibilité ou de la résistance au traitement présentée par les caractéristiques de chaque patient", explique ainsi Manolis Tsiknakis, coordinateur scientifique du projet.
Tests grandeur nature sur le cancer du rein de l'enfant et le cancer du sein
Coordonné à l'ERCIM par Remi Ronchaud, à partir de la technopole, ce projet européen autour de l'e-santé vise à valider ce scénario. Le test grandeur nature sera mené sur deux types de cancer : via un partenaire en Allemagne, le cancer du rein de l'enfant, une forme rare; via des partenaires en Belgique, en Angleterre et en Crête, le cancer du sein, un des cancers les plus fréquents. Contrairement à ce que l'on pourrait penser, c'est sur le cancer du rein que le croisement entre données génétiques et données cliniques devrait être le plus porteur d'amélioration de taux de guérison, le cancer du sein ayant beaucoup de causes environnementales risquant de brouiller le seul effet génétique.
Le pari n'en reste pas moins difficile. La commission aura à recueillir les données et les mettre sous une forme utilisable. Il lui faudra développer quelques innovations. Notamment l'élaboration des standards communs de stockage de données à chaque niveau de recherche; des "ontologies" spécifiques (termes utilisés pour décrire et représenter un champ de connaissance) pour des référencements croisés de termes associés à leurs contextes biologiques. Ou encore la mise en place d'une infrastructure de grille biomédicale offrant des services mutualisés et sécurisés pour le partage et l'exploitation de données. Un pari qui sera géré par l'ERCIM et dont le cœur sera à Sophia Antipolis.