Sophia : comment l'IPMC aide à la traque des variants du virus

Dans la lutte contre la Covid-19, l'analyse des eaux usées s'est révélée comme un bon outil pour suivre l'évolution de la pandémie. Mais, désormais, cet outil est aussi devenu complémentaire aux tests cliniques traditionnels pour tracer la présence des variants du virus. Une approche expérimentale novatrice qu'a rendue possible la collaboration entre Veolia, gestionnaire des ressources en eau, et l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) de Sophia-Antipolis, unité mixte de recherche entre le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et Université Côte d’Azur (UCA). Une collaboration qui a conduit au séquençage des variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. (Photo CNRS)

L'exemple de la Métropole Nice Côte d'Azur

L’IPMC est internationalement réputé. L'institut dispose d’une expertise reconnue dans le domaine du séquençage des ARN, de l'analyse bio-informatique et biostatistique, ainsi que, depuis le premier confinement en France, dans l’analyse du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. L’IPMC a en effet mis en place depuis septembre 2020 un protocole de séquençage du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et réalise, notamment en collaboration avec les services de l’assainissement de Nice Métropole, une cartographie fine de tous les variants circulant à l’intérieur de la ville, par quartiers.

L'avantage d'un tel traçage ? Il permettrait d’établir facilement à l’échelle de tout l’hexagone une cartographie précise et à moindre coût de la circulation des différentes mutations du SARS-CoV-2. Veolia et l’IPMC contribuent ainsi à développer un nouvel indicateur de prévalence de mutations et de circulation des variants de SARS-CoV-2, un outil indispensable à la lutte contre la propagation de l’épidémie et la présence de mutations à risque. Appliqué à différentes échelles, allant du quartier jusqu’à une métropole ou une région, celui-ci pourrait ainsi permettre aux collectivités de compléter les outils sanitaires de diagnostic individuel, par exemple pour orienter les stratégies locales de dépistage vers les zones où certains variants seraient identifiés.

Une technologie de séquençage par nanopores sur les eaux usées

Les premières analyses réalisées par l’IPMC pour détecter les variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées ont été réalisées au cours de la première quinzaine de janvier sur des échantillons prélevés dans 10 stations d’épuration des eaux usées (STEP) situées en zones urbaines et rurales et exploitées par Veolia partout en France : à Marquette, Maxeville, Angers, Louis Fargue, Montpellier, Givors, Pornic, Cergy, Sainte-Maxime, et à Nice.

Après le prélèvement des eaux usées en entrée de station d’épuration et l’extraction de l’ARN du SARS-CoV-2 réalisés par Veolia, la technologie de séquençage par nanopores sur les eaux usées de l’IPMC permet l'obtention de résultats précis, fiables et livrés en moins de trois jours. L’IPMC décrypte ainsi l’ensemble du génome du virus et identifie les différentes mutations qui modifient sa séquence.

Les premiers résultats d’analyse obtenus fournissent ainsi une vue instantanée très précise des différentes mutations du virus présentes sur un large territoire. Ces données mettent notamment en évidence l’incidence du variant britannique dans les eaux usées et sont en ligne avec celles de Santé Publique France, selon lesquelles 1 à 2 %  de variants sont actuellement diagnostiqués parmi tous les cas de COVID-19 à l’échelle nationale.

Une approche déployée à l'échelon national

“Nous avons testé cette technologie de séquençage par nanopores sur des eaux usées depuis le mois de septembre avec les équipes de la ville de Nice" explique Pascal Barbry, Directeur de recherche au CNRS. "Nos analyses nous permettent de construire la carte d’identité du virus et d'identifier la présence de mutations dans certaines zones. C’est un outil d’alerte puissant et très réactif s’il est fait à bonne échelle et à fréquence régulière.”  

Pour Philippe Sébérac, Directeur scientifique et technologique de Veolia, avec ce partenariat, "nous pouvons déployer cette approche à l’échelle nationale et proposer à nos clients collectivités un outil d’aide à la décision supplémentaire dans l’anticipation de stratégies sanitaires efficientes, de façon à compléter l’arsenal sanitaire dont elles disposent déjà. Veolia veut poursuivre les travaux de recherche sur la génomique des virus dans les eaux usées,  pour établir la cohérence entre ce qui se retrouve dans les stations d’épuration et la circulation du virus dans les populations."