L'université de Nice Sophia Antipolis fait partie avec Bordeaux 3, Paris 6, Paris 13, l'ENS Cachan, l'université de Savoie, Limoges et l'INSA de Rouen des huit universités françaises qui ont été placées sous la surveillance des recteurs suite à deux déficits successifs (les budgets 2009 et 2010, celui de 2011 n'étant pas encore arrêté). Avec la loi Pécresse de 2007 sur l'autonomie des universités, la plupart des universités françaises gèrent désormais leurs budgets et leurs ressources humaines. Suivant un décret de juin 2008, en cas de deux déficits de fonctionnement consécutifs ce sont les recteurs qui prennent alors en charge la définition du budget.
Dans un communiqué, le ministère précise que les raisons de ces déficits sont pour la plupart techniques (régularisations comptables) mais que certaines gestions et situations financières, sans donner de nom, "méritent d'être regardées attentivement". Laurent Wauquiez, le ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, a annoncé à cette occasion la création d'un "comité des pairs". Composé du recteur et des membres de l'université ainsi que de deux anciens présidents d'université et des équipes du ministère, il sera chargé d'accompagner les universités dans leur gestion.