Responsable du pôle programmation du Centre Pompidou-Metz de novembre 2008 jusqu'à fin février, Hélène Guenin est la nouvelle directrice du MAMAC, le Musée d’Art Moderne et d’Art Contemporain de Nice. Elle a pris ses fonctions lundi 7 mars. Le poste de directeur du MAMAC étant vacant à la suite du départ à la retraite de Gilbert Perlein, un appel à candidature avait été lancé le 14 avril 2015. Suite à cet appel, 37 candidatures ont été déposées. Un jury s’est tenu, en présence de représentants de la Ville de Nice et du Ministère de la Culture, avec la participation de Jean-Jacques Aillagon, ancien ministre de la Culture, et a retenu la candidature d’Hélène Guenin.
Au Centre Pompidou-Metz, cette dernière était en charge, auprès de la direction, de la politique des expositions, du programme de spectacle vivant et de performance associé, ainsi que des éditions. Dernièrement elle y a ainsi assuré le commissariat des expositions "Sublime. Les tremblements du monde" présentée jusqu’au 5 septembre 2016 et "Tadashi Kawamata. Under the Water – Metz".
De 2002 à 2008 Hélène Guenin a été en charge, auprès de Béatrice Josse, de la programmation et de la coordination des expositions et des projets associés au 49 Nord 6 Est – Frac Lorraine et a œuvré à ses côtés à l’inauguration du site actuel de l’institution en 2004. Plus en amont, en 2001, elle a été chargée de projets au Casino Luxembourg – Forum d’art contemporain. Membre du Comité technique du Frac Lorraine depuis 2013, elle est également membre du Conseil d'administration du Centre d'art contemporain - La Synagogue de Delme, et consultante pour l’"Institute’s Arts Programme" de la Banque européenne d’investissement au Luxembourg.